주 5일 수업제 실시에 대해 교원, 학부모 모두 대체로 긍정적인 반응을 보이고 있으나 문제점도 제기되고 있다.


경상북도교육청 2005학년도 주 5일 수업제 운영 기본계획에 따르면 맞벌이 부부나 소외계층 자녀 등의 보호가 문제된다. 휴업으로 학생들이 등교하지 않을 경우 맞벌이 부부는 자녀를 위해 별도의 방안을 찾아야 할 입장이다. 현재 토요휴업일 등교 희망학생이 10% 미만으로 파악되고 있지만 토요프로그램 개설을 희망하는 학부모가 69%에 이르는 점이 이를 반증한다. 따라서 학교에서는 주 5일 수업제가 정착될때까지 등교 희망학생을 위한 교육프로그램을 적극 개설할 필요가 있다는 입장이다.


사교육비가 증가할 우려도 있다.
전면 실시시 사교육 시간을 늘리겠다는 학부모가 약 16%임을 감안하면 월 1회 사교육비 증가율을 크지 않을 것으로 예상되나 현재 7.4%(전국)정도의 학생들이 토요일 사교육을 받고 있는 것으로 나타나 지속적인 사교육비 경감대책 추진이 필요한 실정이다.


학력저하의 우려도 있다.
월 1회 토요일 휴업으로 수업시간이 줄어드는 등 학력증진의 기회가 줄어드는 만큼 학력저하는 피할 수 없다는 입장이다. 이를 위해 토요휴업일 수업 결손이 없도록 주중에 수업을 실시하거나 방학기간을 단축하는 등 다양한 방법으로 수업결손 방지대책이 강구되고 있다.


생활지도상의 어려움 역시 피할 수 없을 전망이다. 교사와 학생이 함께 하는 시간이 감소하는 것에 비례해 생활지도 역시 어려움을 피할 수 없기 때문이다. 가족중심의 여가문화가 활성화 돼 있는 가정이라면 별문제가 없겠지만 이런 여건이 조성돼 있지 않은 가정의 경우 비행 및 탈선, 안전사고 등에 노출될 확률이 높아진다.


이에 가족중심의 여가문화 활성화 및 학교별 다양한 토요프로그램 운영확대화 비행 및 탈선 예방, 안전교육, 건전한 소비생활을 위한 경제교육, 체험 봉사활동 활성화 등의 주말활동 지도대책이 필요하다.


타공무원과의 복무상 형평성 문제에 따른 교원들의 불만 제기도 간과할 수 없다.
타 공무원의 경우 주 5일제근무시 휴업일에는 출근을 하지 않지만 교원들의 경우 학생들은 등교하지 않으나 교원들은 근무를 원칙으로 하고 있고 토요근무에 따른 시간외근무수당 지급 역시 인정되지 않아 불만제기의 요소가 높다.
하지만 교원의 경우 타 공무원과 달리 방학이라는 특수성이 있어 타 공무원과 조건이 완전히 같지는 않다는 시각도 있다.


주 5일 수업제 실시에 따른 사회적 인프라가 부족한 것도 문제가 되고 있다. 주 5일 수업제 실시로 인해 늘어나는 학생들의 자유시간을 적절하게 보낼 수 있는 사회적 인프라 시설이 부족해 이들 학생들이 갈곳을 잃을 가능성이 있다. 따라서 이들 학생들을 위한 사회적 인프라 구축 역시 조속히 추진되야할 형편이다.